醫藥配送中心的運作包括商品收、存、發3個環節。如果把配送中心比作人體，那么倉儲就是心臟，商品如同血液必須經過心臟的儲存才可以流向全身各部。因此，倉儲在配送中心整體運營中的作用至關重要。
目前，多數醫藥零售企業的配送中心采用WMS物流系統，配合采用電子標簽貨位管理，該系統具有以下幾個特點：高收、發效率：該系統要求商品嚴格按照批號進行存儲，同一商品因批號不同需要存放到不同的貨位，發貨時也是按照批號分配數量。收貨時，驗收上架的商品經過手持終端PDA掃描，其所需要存儲的數量與位置都能正確地顯示在電子標簽上；發貨時，PDA掃描需出貨的客戶信息后，直接掃描貨架數據信息就能馬上在對應的要貨電子標簽上顯示該商品的出貨數量。商品經倉儲人員按電子標簽上的數量揀貨后，即可放到傳送帶直接傳送到復核組進行復核。
節省存儲面積、人員：采用WMS系統后，商品的存儲區域大致分2塊，分別是散件發貨區和整件存儲區 。散件發貨區能滿足所有出貨商品的存儲品項，但單品數量只能滿足設定的最小出貨量，商品通過整件區的內部補貨移動來保證散件發貨區的發貨數量 ，因此整體的存儲區完全劃分成2大塊，大大縮小了發貨的操作空間。
而在散件發貨區中，假設該區共設定28排貨架，倉儲員每人負責2排貨架，因此14個人8小時就能輕松完成150家門店的揀貨任務，對比之前的單店揀貨和總揀分貨模式，大大減少了倉儲員的人數。ABC法則設定貨位在WMS系統中，商品按ABC法則進行貨架存儲，也就是按照商品階段性的調撥頻率進行分類儲存，一般分為如下3類：A類商品占分類存儲品項的13%～15%，調撥頻次占其總調撥頻次的30%～50%；B類商品占分類存儲品項的20%～25%，調撥頻次占其總調撥頻次的33%～40% ； C類商品占分類存儲品項的60%～67%，調撥頻次占其總調撥頻次的10%～37%。
按照ABC法則分類，A類商品存儲空間小，發貨頻率快 ，效率高；B類存儲空間也較小，人員需求也較低，效率也較高；C類存儲空間大，但發貨頻次少，人員需求相對也不大，工作效率可以和AB類持平。
ABC法則不僅可以按照整體貨架進行分配，還可以進行詳細分解。例如，A類貨位設定在整個散件發貨區的黃金位置，C類設定在偏僻的位置，方便商品內部上架轉儲和揀貨。另外，同一貨架內的商品也可以再進行ABC分類，A類擺放在中間層靠外側等，這都有效提高工作效率。 ABC法則或增加用工成本任何操作系統都有利弊兩面。WMS系統也有它的不足之處：商品嚴格按照批號進行擺放，大大增加了貨位數量，上架員容易憑印象把內部轉儲的商品上錯貨位，造成發貨、盤點錯誤，倉儲員也容易把復核退回的商品上錯貨位，導致商品批次混亂。　此外，商品按照ABC法則分類，各區倉儲員的績效考核方案也不同 。 例如 ， A 類倉儲員的揀貨品項和數量大大超過B 類和C類，雖然可以通過設定不同的基數來解決績效考核問題，但在實際操作中還是很難平衡。而商品按ABC法則分類的另一個缺點，是商品常需要按季節變化、營銷方法變更的情況進行分類調整，再加上每天內部轉儲補貨，每一次調整都需要進行數據分析，從而帶來了相關輔助人員的數量和成本的增加。
眾所周知，先進物流設備前期投入較大。采用WMS系統，前期需要配備先進的物流設備，如電子貨位標簽、手持終端PDA、傳送設備、立體貨架、電動叉車、堆高叉車等，后期則會產生設備養護費用。但WMS系統仍是目前國內最先進的物流管理系統，對于整體工作效率的提高卻有非常重要的意義——提高效率，從而降低用工成本及管理成本，適合于經營規模較大的醫藥連鎖企業。

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